1940年3月8日，惠宝人民抗日游击总队及东宝惠边人民抗日游击大队遭到国民党顽固派军队的围攻，被迫从坪山根据地向海陆丰转移，途中遭到国民党的围追堵截，部队多被打散，损失严重，最后仅剩100余人。

1941年12月，日军发动太平洋战争，同时占领香港。游击队即派出武工队进入香港、九龙地区，开展城市游击

1941年6月10日夜，400余名日军和200余名伪军，兵分两路，准备在11日拂晓合围偷袭大岭山百花洞村。日伪军的偷袭行动，早已被游击队情报站所侦得，并于当晚将情报送到大队长曾生手上。曾生立刻率领游击队抢占百花洞西南的小山头制高点，准备迎敌。同时，负责军事指挥的总队长梁鸿钧和政委尹林平率队支援曾生，并命令游击队战士占领百花洞东大公岭。经过两天两夜的战斗，日军大队长被击毙，日伪军官兵五六十人被击毙击伤；百花洞战斗取得胜利。

1943年1—10月，游击总队向日伪军主动出击，拔除了广九铁路及宝太公路、莞城—太平公路沿线的一批据点；争取了伪军1个营反正，2个连投诚；海上独立中队以少胜多，在大亚湾全歼伪海军1个大队。1943年11月，日军发起了打通广九铁路的进攻作战。中旬，日伪军出动七八千人，号称“万人扫荡”，在空军配合下，对大岭山抗日根据地实行“铁壁合围”；下旬又对羊台山抗日根据地实行“多路围攻”。

1943年12月，广东人民抗日游击队东江纵队成立后，大力加强部队建设，广泛开展杀敌竞赛和扩军竞赛，不断向日伪军发动进攻。1944年上半年歼灭伪军20多个连，迫使伪军投诚；港九独立大队积极开展城市游击战，为钳制日伪军，东江纵队沿广九铁路、宝太公路等交通线广泛出击，先后全歼广九铁路常平、平湖等站的伪军、伪警大队。

1946年6月，根据国共两党谈判达成的协议，东江纵队主力以及包括珠江纵队、韩江纵队及南路人民抗日解放军等部分骨干北撤山东省解放区，解放战争时期改编为中国人民解放军两广纵队。